De geschiedenis van Nerja begint in de prehistorie. De grotten van Nerja bevatten zeehondenschilderingen van 42.000 jaar geleden – een van de oudste voorbeelden van menselijke kunst – en sporen van bewoning van ongeveer 20.000 jaar geleden. De Romeinen arriveerden rond 210 v.Chr. en stichtten drie nederzettingen in het oostelijke deel van Malaga, waaronder Detunda (het huidige Maro), waar veel Romeinse voorwerpen zijn gevonden. In 711 namen de Arabieren de macht over en gaven de plaats de naam Narixa, wat ‘overvloedige bron’ betekent, tijdens de culturele bloei van Al-Andalus.
Nerja gaf zich in 1487 over aan de christelijke legers. Na een periode van onrustige co-existentie en herhaalde mishandeling leidde een opstand tot de verdrijving van de moslim- en joodse bevolking. Angst voor piratenaanvallen vertraagde de ontwikkeling en leidde tot de bouw van wachttorens langs de kust; enkele staan er nog. Kort daarna werden christelijke kerken gebouwd, waaronder El Salvador in 1697 en de kapel van Las Angustias in 1720. De 17e eeuw bracht wegen, een bevolking van 8.000 en straten met stenen bestrating. Sinds 1950 hebben toerisme en de internationale bekendheid van de grotten de plaats sterk veranderd.




