Die Geschichte von Nerja beginnt in der Vorgeschichte. Die Höhlen von Nerja enthalten Seehundmalereien aus der Zeit vor 42.000 Jahren – eines der ältesten bekannten Beispiele menschlicher Kunst – sowie Spuren von Besiedlung vor etwa 20.000 Jahren. Die Römer kamen um 210 v. Chr. und gründeten drei Siedlungen im Osten von Málaga, darunter Detunda (das heutige Maro), wo zahlreiche römische Funde entdeckt wurden. Im Jahr 711 übernahmen die Araber die Kontrolle und nannten den Ort Narixa, was „reichhaltige Quelle“ bedeutet, während der kulturellen Blüte von Al-Andalus.
Nerja ergab sich 1487 den christlichen Truppen. Nach einer Phase unruhigen Zusammenlebens und wiederholter Misshandlungen führte ein Aufstand zur Vertreibung der muslimischen und jüdischen Bevölkerung. Die Angst vor Piratenüberfällen bremste die Entwicklung und führte zum Bau von Wachtürmen entlang der Küste; mehrere stehen noch heute. Kurz darauf wurden christliche Kirchen errichtet, darunter El Salvador im Jahr 1697 und die Kapelle von Las Angustias im Jahr 1720. Das 17. Jahrhundert brachte Straßen, eine Bevölkerung von 8.000 Einwohnern und gepflasterte Gassen. Seit 1950 haben Tourismus und die internationale Bekanntheit der Höhlen die Stadt stark verändert.
