L’histoire de Nerja remonte à la préhistoire. Les grottes de Nerja renferment des peintures de phoques datant de 42 000 ans – parmi les plus anciens exemples d’art humain – et des traces d’occupation il y a environ 20 000 ans. Les Romains arrivent vers 210 av. J.-C. et fondent trois localités dans l’est de Malaga, dont Detunda (l’actuel Maro), où de nombreux objets romains ont été découverts. En 711, les Arabes prennent le contrôle et nomment la ville Narixa, signifiant « source abondante », durant l’épanouissement culturel d’Al-Andalus.
Nerja se rend aux armées chrétiennes en 1487. Après une période de coexistence difficile et de mauvais traitements répétés, une révolte entraîne l’expulsion des populations musulmane et juive. La crainte des raids de pirates ralentit le développement et conduit à la construction de tours de guet le long de la côte ; plusieurs subsistent encore. Des églises chrétiennes sont érigées peu après, dont El Salvador en 1697 et la chapelle de Las Angustias en 1720. Le XVIIe siècle apporte routes, population de 8 000 habitants et rues pavées. Depuis 1950, le tourisme et la renommée internationale des grottes ont profondément transformé la ville.
